Werden in einer Urkunde, deren Echtheit angezweifelt wird, die Brüder Welf und Ulrich von Falkenstein erwähnt. Ob Neu-Falkenstein der ursprüngliche Stammsitz einer Adelssippe war, muss daher offen bleiben.

Die Burg wurde im 12.Jh. durch die Herren von Falkenstein, die nicht unbedingt identisch mit den späteren Herren von Falkenstein sind, gegründet.

Gegen Ende des 12. Jh. wird Neu-Falkenstein als Besitz der Herren von Bechburg genannt, die ihre Burgen ebenfalls im Umland von Balsthal hatten und damit den südlichen Zugang zum Pass des Oberen Hauensteins beherrschten. Ab dem frühen 13. Jh. nannte sich ein Zweig dieser Familie nach der Herrschaft Falkenstein. In dieser Zeit wurde die Burg umgestaltet, indem ihr ein grosser wehrhafter Palas im Ostwerk angefügt und ein neuer, runder Bergfried errichtet wurde.

Noch vor 1300 wechselte die Burg, nun als Lehen der Grafen von Frohburg, vom Falkensteiner Familienzweig an die Stammlinie der Bechburger zurück, doch gehörten Anteile an der Festung auch dem mit diesen verwandten Rudolf von Wart. Dieser Ritter aus der Gegend von Winterthur gehörte 1308 zu den Mördern des Königs Albrecht von Habsburg. Nach der Bluttat hielt sich Rudolf mit seinen Mittätern kurze Zeit auf Neu-Falkenstein auf, verkaufte seine Anteile an der Burg 1309 aber an seine Vettern Heinrich und Markwart von Bechburg. Wohl deshalb wurde die Burg beim Rachefeldzug der Habsburger nicht zerstört

Im grossen Erdbeben von Basel (1356) wurde die Burg zerstört und danach wieder aufgebaut. Daher der Name Neu-Falkenstein obwohl die Burg älter ist als Alt-Falkenstein bei Klus.

kam es zum sogenannten Safrankrieg: Henmann von Bechburg beschlagnahmte damals wegen Schuldforderungen an die Stadt Basel Handelsware, darunter vor allem kostbares Safran. Dies wurde als Landfriedensbruch aufgefasst, weshalb Truppen aus Bern, 100 Schützen mit einer Wurfmaschine aus Basel, Landgraf Rudolf IV. von Nidau, Hartmann von Neu-Kyburg und Sigmund von Thierstein-Farnsburg vor die Burg zogen und sie 14 Wochen lang belagerten. Schliesslich wurde die Festung eingenommen und teilweise zerstört. Der anschliessende Wiederaufbau führte wohl zum Namen Neu-Falkenstein.

Henmann, der letzte Bechburger, war nach dem Konflikt ruiniert, verpfändete die Burg 1380 an Rutschmann von Blauenstein und fand sechs Jahre später in der Schlacht von Sempach den Tod.

Im nun folgenden Erbstreit erhoben auch Henmanns Schwester Margarete von Heidegg sowie die Grafen von Thierstein Ansprüche auf die Herrschaft. Hans von Blauenstein, der Neu-Falkenstein von seinem Vater geerbt hatte, verkaufte deshalb seine Rechte an der Burg 1402 der Stadt Solothurn.

Die Thiersteiner verzichteten nun auf ihre Ansprüche, an Margarete von Heidegg zahlte Solothurn 1417 eine Entschädigung von 500 Gulden. Oberster Lehnsherr über Neu-Falkenstein bleib noch bis 1669 der Bischof von Basel.

Unter solothurnischer Herrschaft wurde Neu-Falkenstein zum Landvogteisitz. Die Burg erfuhr dabei verschiedene Umgestaltungen, bis sie während der Helvetischen Revolution im Juli 1798 vom aufgebrachten Landvolk in Brand gesteckt wurde.

1938 bis 1939 erfolgten auf der Ruine Freilegungsarbeiten, bei denen leider nicht sehr sachgemäss vorgegangen wurde und zahlreicheFunde verloren gingen.

(Quellen: MEYER, Werner. Burgen von A bis Z: Burgenlexikon der Regio. Basel 1981. S. 210-213. / LOERTSCHER, Gottlieb. Die Kunstdenkmäler des Kantons Solothurn, Bd. III: Die Bezirke Thal, Thierstein und Dorneck. Basel 1957. S. 66-70. / AMIET, Bruno. Die Burgen und Schlösser des Kantons Solothurn [Die Burgen und Schlösser der Schweiz, Bd. III]. Basel 1930. S. 43-47.)