Kurz nach 1200 entstand am Ostrand der heutigen Altstadt das „Schlössli“, ein befestigter Turm, der die Brücke bewachte. Auf einem vorspringenden Felskopf über der Aare gründeten die Grafen von Kyburg die Stadt Aarau. Die Anlage wurde vom „Rore-Turm“ beherrscht,

Starben die Kyburger aus. Agnes von Kyburg, die keine männlichen Verwandten mehr hatte, verkaufte die gesamten Ländereien ihrer Familie an ihren Patenonkel, König Rudolf I. von Habsburg. Dieser verlieh Aarau am 4. März 1283 das Stadtrecht.

Im 14. Jahrhundert wurde die Stadt in zwei Etappen erweitert und erhielt einen zweiten Mauerring. Ein breiter Graben trennte die Stadt von der unbefestigten „Vorstadt“. Ihren Verlauf markiert heute eine breite Gasse namens „Graben“.

Eroberte Bern mit der Hilfe Solothurns den unteren Aargau; Aarau kapitulierte nach kurzem Widerstand und musste den neuen Herrschern Treue schwören.

Ab 1461 war die Stadt Bern Alleinherrscherin über Aarau, nachdem die Solothurner allmählich ausgegrenzt worden waren.

Am 27. Dezember 1797 fand in Aarau die letzte Tagsatzung der alten Eidgenossenschaft statt. Zwei Wochen später liess sich ein französischer Gesandter in Aarau nieder, der die revolutionäre Stimmung noch weiter anheizte. Hier war der Gegensatz zwischen einem hohen Bildungsniveau und fehlenden politischen Rechten besonders gross.

Die Stadt weigerte sich, Soldaten zum Schutz der bernischen Grenzen zu senden. Mitte März 1798 wurde Aarau durch französische Truppen besetzt.

Am 22. März wurde Aarau zur Hauptstadt der Helvetischen Republik erklärt und war damit die erste Hauptstadt der Schweiz überhaupt.

Am 19. Februar 1803 ordnete Napoléon Bonaparte in der Mediationsakte die Verschmelzung der Kantone Aargau, Baden und Fricktal an. Aarau wurde Hauptstadt des erweiterten Kantons Aargau.

Wurden die Stadtmauern geschleift und die Gräben zugeschüttet, wodurch sich die Stadt ungehindert ausdehnen konnte.

Heute ist das Schloss ein Stadtmuseum.